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Fruit Res | 沈阳农业大学果树分子生物学学术团队在栽培草莓qRT-PCR内参基因选择方面取得进展

毛健鑫 园艺植物研究
2024-09-08

栽培草莓Fragaria × ananassa是蔷薇科多年生异源八倍体草本植物,也是重要的园艺作物。作为研究非呼吸跃变型果实的理想材料,栽培草莓果实成熟的分子机制一直是园艺研究的重要领域。qRT-PCR是经常用到的分子生物学技术,可以测定和分析目的基因表达水平和趋势。选择适当的内参基因进行数据标准化是确保实验结果准确和可靠的关键。因此,筛选在成熟过程中稳定表达的内参基因对栽培草莓果实成熟分子机制的研究有着重要的意义。


2024年3月,Fruit Research 在线发表了沈阳农业大学果树分子生物学学术团队题为Selection and validation of reference genes for qRT-PCR in cultivated octoploid strawberry 的研究论文。该团队以‘艳丽’和‘初恋’两种栽培草莓为试验材料,开展了对草莓果实成熟过程中稳定表达的qRT-PCR内参基因筛选的研究。


在草莓果实不同发育阶段有相对一致的表达量是内参基因选择的关键。该研究以‘艳丽’草莓高质量单倍型基因组(https://www.rosaceae.org/Analysis/14723107)为基础,筛选了5个候选内参基因FaGAPC2、FaADPrf1、FaPPC1、FaEF1-α、Fa26s rRNA并使用不同计算方法对它们在草莓果实5个发育阶段(小绿、大绿、白熟、转熟、完熟)的表达量稳定性进行分析。然后使用随果实发育表达量呈明显上升趋势的FaMYB10FaCHS FaUGT1 基因对计算结果进行验证。结果表明,FaGAPC2 FaADPrf1 是栽培草莓果实发育研究中合适的qRT-PCR内参基因。

图1 候选内参基因Ct值箱线图


沈阳农业大学园艺学院在读博士生毛健鑫为第一作者,张志宏教授为通讯作者。团队在读博士生李吉祺和青年教师王岩也参与了本研究工作。本研究得到国家自然科学基金(31872072, 32130092)的资助。


研究团队介绍:
沈阳农业大学果树分子生物学学术团队由园艺学院果树学科的6名教师组成,包括教授3人、副教授1人、讲师1人、实验师1人。团队承担果树学人才培养和科技创新双重任务,工作目标是解析果树重要基因功能,揭示果实性状形成的表观遗传变异机制,开发果树分子育种技术等。目前,该团队已经在草莓表观遗传变异机理、草莓品质形成机理、果树功能基因验证、果树病毒基因组解析与分子检测、小RNA在园艺植物与病原微生物互作中的作用等研究领域形成了自己的特色。


团队合照

原文链接:

https://doi.org/10.48130/frures-0024-0003

特邀作者:毛健鑫

编辑:顾笑寅

审核:史安琪

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About Fruit Research

Fruit Research 是一本开放获取的国际期刊,致力于传播果树研究领域的最新进展,专注于发表本领域原创研究文章、综述和方法和观点。目前期刊已被Scopus、DOAJ、CABI等数据库收录。


期刊官网:

www.maxapress.com/frures

投稿网址:

mc03.manuscriptcentral.com/frures

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